目的：比较分析针刺与艾灸足三里穴治疗功能性消化不良(FD)的脑功能响应特征, 探索针刺与艾灸中枢作用机制的差异。方法：选取符合条件的FD患者24例, 分针刺、艾灸两个BOLD序列进行功能磁共振成像(fMRI)扫描, 每个序列分为定位相、结构相、针刺/艾灸前静息态、针刺时/艾灸时任务态、针刺/艾灸后静息态, 采集数据运用DPARSF软件进行低频振幅(ALFF)分析。结果：针刺与艾灸时的脑功能响应具有明显差异, 针刺时/艾灸时任务态比较主要引起了右缘上回、右顶上小叶、右额中回、右枕叶上部、右楔前叶、右扣带回中部等脑区ALFF值降低, 以及左小脑、右尾状回、右小脑、左小脑脚、左颞下回等脑区ALFF值的升高; 针刺/艾灸后静息态的比较差异在强度和区域大小上均明显小于任务态, 主要引起了右中央后回、右缘上回脑区ALFF值的降低,以及左楔前叶、左额下回眶部、右小脑脚脑区ALFF值的升高。结论：针刺与艾灸FD患者足三穴的即时脑功能响应区域有明显差异。